Темные черепашки – это клоны Ниндзя Черепашек, созданные Шоконабо, но находящиеся под контролем Дариуса Дана. Их первое появление было в шестом сезоне второго мультсериала, известного также как Fast Forward, в серии под названием «Плохая кровь» (Bad blood). В этой серии Дан хотел уничтожить Черепах с помощью их же клонов. Отняв у Черепах оружия, клоны почти смогли победить их. Затащив их к себе в логово, те хотели с ними покончить раз и навсегда, однако Коди Джонс смог проследить до «берлоги» Темных черепах и помочь победить Ниндзя Черепашкам в бою.
Логово Темных черепах почти похоже на дом истинных, за исключением мрачности.
В следующий раз мы видим их в серии «Проигрыш Дариуса Дана» (The Fall of Darius Dun). Они действуют как приманка, чтобы не дать Черепашкам помочь Коди. На этот раз каждая из Черепах сражается против другого, а не своего клона, что дает им преимущество. Клон Майка сражается с Рафом, в то время как клон Рафа сражается с Майки. Клон Дона был легко обманут Леонардо. Позднее, когда трое из клонов-братьев были повержены, клон Лео сопротивлялся четырем Черепашкам Ниндзя. В конце концов, он тоже был побежден с большой помощью Донателло. После их поражения они убегают, прихватив с собой Дариуса. Благодаря им, Дана не поймали и не арестовали.
Последний раз, когда мы их видим, была серия «DNA: Thicker than Water». Мы сразу можем понять, что у них действует закон: кто успел, тот и съел. Каждый из них воюет за пищу и дерется друг с другом. В этом эпизоде Темные черепахи решили дать Черепахам отпор, для этого у них родился план. Темный Лео должен был втереться в доверие к Черепашкам, после чего вместе со своими братьями застать Черепах врасплох. Однако у них вновь не получилось сделать это. В конце серии мы видим, как Темный Лео разделяет кусок мяса своим братьям, что дает надежду на то, что Темные черепахи смогут поладить друг с другом.
Из-за аннулирования второго сезона Fast Forward, Темные Черепахи (наряду с Дариусом) так и не смогли получить официальное окончание, поэтому об их дальнейшем будущем ничего не известно. Темный Лео также думает о сотрудничестве с оригинальными черепахами, но он не уверен в этом.